Дебабов родился 17 октября 1935 в Москве.
Советский и российский микробиолог, Академик РАН (2013). Является Доктором биологических наук, профессором.
Внёс существенный вклад в развитие биотехнологии и генной инженерии; первым использовал методы генной инженерии для создания промышленных штаммов микроорганизмов.
В настоящее время Дебабов В. Г. ведёт научно-организационную, преподавательскую, общественную и публицистическую деятельность. В течение многих лет является председателем Учёного совета ГосНИИгенетики, член совета по присуждению кандидатских и докторских диссертаций института Молекулярной биологии РАН, избран в руководящие органы Всероссийского микробиологического общества, общества генетиков и селекционеров им. Н. И. Вавилова, является главным редактором журнала «Биотехнология», более 20 лет — заместителем главного редактора журнала «Молекулярная биология».
Является автором более 300 научных статей и 80 патентов (из них 15 — зарубежных).