Создан в 2000 году в Новосибирске Павлом Скурихиным. Компания объединяла сельхозпредприятия в Центральном, Южном, Приволжском и Сибирском федеральных округах, девять элеваторов общей мощностью 630 тыс. т, 18 хлебозаводов в восьми регионах и другие производственные и сервисные предприятия АПК. Всего в состав холдинга входило около 50 компаний, занимающихся производством и переработкой зерновых, производством хлебобулочных изделий, животноводством, зернотрейдингом. Земельный банк холдинга — примерно 360 тыс. га. В 2008 году оборот группы достигал 10 млрд руб. До 2010 года САХО входил в число крупнейших аграрных операторов страны.
После кризиса 2008 года и нескольких неурожайных сезонов САХО оказался в тяжелом финансовом положении. Из-за банкротства «Связь-банка», одного из кредиторов компании, она не смогла завершить инвестпрограмму. В частности, холдинг закупил оборудование для хлебозаводов, но не успел его смонтировать, расширил земельный банк, однако не выкупил технику для обработки новых угодий. В 2012 году долги САХО оценивались в 15-17 млрд руб. В декабре того же года Высокий суд Лондона по иску ВТБ заморозил активы Скурихина, который был поручителем по кредитам компании. В декабре 2012 года холдинг привлек антикризисного управляющего — ИФК «Метрополь». Должность председателя совета директоров компании вместо Скурихина занял управляющий директор департамента корпоративных финансов «Метрополя» Сергей Солоусов. Предполагалось, что после реструктуризации долгов САХО «Метрополь» может выкупить 100% долей холдинга. Но уже через два месяца ИФК вышла из проекта.
В 2013-м в арбитражных судах Тульской, Ростовской и Новосибирской областей было инициировано банкротство ряда компаний САХО. В марте 2013 года 100% акций холдинга купила компания «Бизнес оценки» предпринимателя Леонида Маевского, известного по телекоммуникационному бизнесу. Однако в начале 2014-го соглашение было расторгнуто: Маевскому не удалось договориться с банками-кредиторами (Сбербанком, ВТБ, ВЭБом, Россельхозбанком, Росэксимбанком) и возобновить полевые работы. Кроме того, новый инвестор оказался вовлеченным в корпоративный конфликт: поддерживавший Скурихина совет директоров выдвинул обвинения менеджменту Маевского в хищении денежных средств, выводе и преднамеренном банкротстве активов. К этому времени новосибирский арбитраж признал банкротами большинство предприятий группы.
В феврале 2014 года юристы ВТБ обратились с исками в Высокий суд Лондона, который в 2014 году заочно приговорил Скурихина к лишению свободы и постановил заморозить его активы. На начало сентября 2015 года личная задолженность Скурихина составляла почти 1,8 млрд руб.