Создан в 1993 году путем объединения комбикормового завода и комплекса по откорму КРС Николаем Ткачевым — отцом экс-министра сельского хозяйства (2015-2018 года) и бывшего губернатора Краснодарского края (2001-2015) Александра Ткачева. После смерти Ткачева-старшего в 2014 году председателем совета директоров холдинга был избран зять Александра Ткачева Роман Баталов.
По данным на май 2018 года, холдинг объединяет более 60 компаний, которые занимаются растениеводством, производством кормов, мясным и молочным скотоводством, свиноводством, птицеводством, садоводством, переработкой продукции, хранением, логистикой и розничной торговлей через собственную сеть магазинов. Активы компании расположены в Краснодарском и Ставропольском краях, в Крыму, Адыгее, Ростовской области и Марий Эл. В июле 2017 года компания арендовала склад для хранения продуктов питания в подмосковном складском комплексе Springs Park для выхода на рынки Москвы и Московской области. Штаб-квартира холдинга находится в селе Выселки Краснодарского края. Генеральный директор — Евгений Хворостина. 

«Агрокомплекс» активно расширяется за счет сделок M&A, в частности, за 2016 год он увеличил земельный банк на 40% до 640 тыс. га за счет ряда приобретений (Parus Agro Group, рисовые активы «Разгуляя»). Благодаря этому компания стала четвертой в рейтинге крупнейших российских землевладельцев по данным консалтинговой компании BEFL. К маю 2018-го под контролем холдинга было 644 тыс. га, он сохранил четвертое место в списке. Также в 2017 году агрохолдинг занял третье место по площади земель в обработке в рейтинге «Агроинвестора». По оценкам экспертов, она составила около 460 тыс. га. В рейтинге «Агроинвестора» крупнейших производителей комбикормов по итогам 2017 года компания заняла шестое место, в списке крупнейших производителей мяса за 2016-й стала десятой.
По итогам 2017 года убыток компании составил 2,1 млрд руб. против прибыли в 2,9 млрд руб. в 2016-м. Выручка за 2017 год увеличилась на 4,3% до 46,68 млрд руб.